9  跨语言召唤术：在R中调用其他编程工具

在现代数据科学与分析的领域中，单一编程语言往往无法满足所有需求。R语言以其强大的统计计算能力和丰富的包生态系统而广受欢迎，但在某些特定任务或性能要求较高的场景下，其他编程语言如C++、Python、Rust、Java等可能会表现得更加出色。因此，学会在R中调用其他编程语言，不仅可以充分利用各语言的优势，还可以提升计算效率和代码的灵活性。本章节将为读者提供实用的跨语言编程技巧，从而充分发挥不同编程语言的优势，实现高效、灵活的数据处理和分析。

9.1 调用C++

在R语言中调用C++主要是为了提升性能和效率。R适合数据分析和统计建模，但在处理计算密集型任务、大规模数据集或复杂算法时可能表现较慢。通过调用C++，可以利用其高效的计算能力和更好的内存管理，显著加快计算速度，满足实时处理和低延迟要求，进而优化整个工作流程。

Rcpp包是一个强大且流行的R扩展包，用于在R中集成和调用C++代码。它提供了一个简洁的接口，使得在R中编写和执行C++代码变得更加容易，从而结合了R的简便性和C++的高效性。通过Rcpp，用户可以在R环境中执行高性能计算任务，并且可以轻松地在两种语言之间传递数据，极大地提高了计算效率和代码执行速度。

一般来说，有两种方案能够利用Rcpp包来在R环境中对C++进行调用。一种方法是使用cppFunction函数，在R中直接对C++函数进行定义，然后调用。比如我们想要判断一个数字是否为基数，可以这样进行操作：

# 加载包
library(Rcpp)

# 函数定义
cppFunction("bool isOddCpp(int num) {
   bool result = (num % 2 == 1);
   return result;
}")

# 函数调用
isOddCpp(42L)

需要注意的是，在C++中，每个变量都需要进行定义，声明其属于什么数据类型（比如我们这里声明函数接受一个整数，返回一个布尔变量，即逻辑变量）。

另一种调用方法是先把函数保存为cpp文件 （文件名为“fibonacci.cpp”，放在根目录下的data文件夹中），然后通过sourceCpp函数进行调用。比如我们先把以下C++函数保存为cpp文件，我们想要计算斐波那契序列第n个数字：

#include "Rcpp.h"

// [[Rcpp::export]]
int fibonacci(const int x) {
   if (x < 2) return(x);
   return (fibonacci(x - 1)) + fibonacci(x - 2);
}

然后，我们利用sourceCpp函数在 R 环境中直接编译和加载 C++ 代码：

sourceCpp("data/fibonacci.cpp")

现在，我们就可以直接在R中对其进行调用了：

fibonacci(20)
# 6765

在上面的例子中，我们展示了如何简单地在R中调用C++。在实际应用中，当我们发现某一个步骤非常消耗时间，而又可以使用C++进行实现，就可以尝试是否能够通过Rcpp来突破这个瓶颈。关于如何更好地充分利用Rcpp工具，可以参考开源图书Rcpp for everyone，该书全面地介绍了Rcpp包的使用方法。另外，更多最新的讯息，可以参考官方文档https://www.rcpp.org/。

9.2 调用SQL

在R中调用SQL是为了高效地访问和处理存储在关系型数据库中的大规模数据。SQL擅长数据查询、过滤、排序和聚合操作，而R则强于数据分析和可视化。通过在R中调用SQL，用户可以结合两者的优势，实现数据的高效管理、清洗和预处理，简化复杂的数据操作流程，并提升整体数据处理和分析的效率。这样，用户可以在R中方便地进行端到端的数据分析，从数据库提取数据到分析和可视化，均在一个环境中完成。

尽管当前R也已经用强大的数据管理和操作能力，但是有的时候我们仍然需要与传统的关系型数据库进行协作，复用一些SQL代码，那么就必须利用相应的工具进行实现。当前R几乎可以与任意数据库进行连接，这里我们将会以SQLite数据库为例，看看如何在R中对数据库进行一些基本操作。

9.2.1 数据库的连接

如果已经有一个sqlite数据库（假设数据库名为“my-db.sqlite”），需要进行连接，可以这样操作：

library(pacman)
p_load(DBI,RSQLite)
mydb <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), "my-db.sqlite")

需要注意的是，如果当前没有该名称的数据库，那么系统会自动在根目录下创建一个数据库。如果我们仅仅需要构建一个临时数据库做实验，可以不指定数据库的名称，操作如下：

mydb <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), "")

如果需要关闭对数据库的连接，可以这样操作：

dbDisconnect(mydb)

9.2.2 载入数据

如果我们要把R中的数据集载入到数据库中，可以使用dbWriteTable函数，操作方法如下：

# 创建临时数据库连接
mydb <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), "")

# 写出mtcars数据集
dbWriteTable(mydb, "mtcars", mtcars)

# 写出iris数据集
dbWriteTable(mydb, "iris", iris)

# 观察数据库中有哪些表格
dbListTables(mydb)
#> [1] "iris"   "mtcars"

9.2.3 数据查询

如果需要对数据进行查询，可以使用dbGetQuery函数，比如我们想要取mtcars表格中的前5行数据，可以这样操作：

dbGetQuery(mydb, 'SELECT * FROM mtcars LIMIT 5')
#>    mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
#> 1 21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
#> 2 21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
#> 3 22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
#> 4 21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
#> 5 18.7   8  360 175 3.15 3.440 17.02  0  0    3    2

关于如何在R中调用数据库进行各式操作，可以参考R for Data Science (2e) 中的相关章节。由于数据库是大数据分析的重要技术方案之一，在本教程后续章节将会对其进行更加详尽的讲解。

9.3 小结

本章以在R语言中调用C++和SQL为例，介绍了如何在一门语言中利用其它的编程工具来提高数据分析的效率。实际上，R语言还可以调用很多别的编程工具，包括Python（reticulate）、Java（rJava）、Rust（rextendr）等。一般来说，调用C++有利于我们在递归、循环等操作中提高代码的运行效率，而调用Java和Python等工具则是希望能够直接把现成的工具包集成到R环境中，使得工作能够在R环境中一并完成，从而提高工作效率。

9.4 练习

  • 请使用Rcpp来实现冒泡排序法，并利用R语言也写一套方法，比较两者之间的运行速度。